کانسار مگنتیت- آپاتیت‌ گزستان در 78 کیلومتری خاور بافق قرار دارد. از دید ساختاری، این کانسار متعلق به پهنه ایران مرکزی و زیرپهنه بافق- پشت‌بادام است. واحدهای سنگی منطقه به سری ریزو تعلق دارند و از سنگ‌های کربناتی، شیل، توف، ماسه‌سنگ و سنگ‌های آتشفشانی تشکیل شده‌اند. افزون بر سنگ‌های رسوبی و آتشفشانی، سنگ‌های نفوذی به شکل استوک و دایک و با ترکیب گرانودیوریت و گرانیت در بخش‌های مختلف رخنمون دارند. سنگ‌های سبز با ترکیب اسیدی تا حدواسط (تراکیت و داسیت در اثر دگرسانی کلریتی، به رنگ سبز دیده می‌شوند)، میزبان کانی‌سازی آهن و فسفات هستند که در برخی بخش‌ها، رخساره‌های نیمه‌ژرف نشان می‌دهند. دگرسانی در سنگ‌های آتشفشانی آشکارتر و انواع شدیدتر آن شامل دگرسانی‌های کلریتی‌، آرژیلی و سیلیسی است. سنگ‌های میزبان کانی‌سازی، به‌شدت دگرسانی نشان می‌دهند. کانی‌سازی در کانسار گزستان شامل ترکیبی از اکسیدهای آهن و آپاتیت به نسبت‌های مختلف است که با کمی کوارتز و کلسیت همراهی می‌شود و به شکل‌های متفاوت درون سنگ‌های تراکیتی- داسیتی و کمی در ریولیت‌ها دیده می‌شود. پنج شکل کانی‌سازی در این منطقه قابل تفکیک است که شامل کانسنگ آهن توده‌ای با کمی آپاتیت، کانسنگ آپاتیت- مگنتیت، رگه- رگچه‌های نامنظم (استوک‌ورک) در سنگ سبز برشی‌شده، نوع پراکنده و رگه‌های توده‌ای خالص آپاتیتی هستند. سنگ‌ میزبان در محدوده کالکو‌آلکالن قرار دارد. محیط زمین‌ساختی، سنگ میزبان، کانی‌شناسی، دگرسانی و ساخت و بافت در کانسار گزستان، بیشترین شباهت را با کانسارهای اکسید آهن آپاتیت‌دار نشان می‌دهد.