کانسار کبالت قمصر در 26 کیلومتری جنوب کاشان، در بخش میانی کمان ماگمایی ارومیه- دختر قرار گرفته است. واحدهای سنگی رخنمون‌ یافته در منطقه شامل آتشفشانی‌های ائوسن، نهشته‌های دریایی سازند قم و توده‌های نفوذی است. ترکیب توده‌های نفوذی منطقه، کوارتزدیوریت تا گرانودیوریت و همچنین میکرودیوریت پورفیری است که درون سنگ‌های آتشفشانی‌ ائوسن و سنگ‌آهک‌های سازند قم تزریق شده‌اند. تزریق این توده‌های نفوذی، موجب تبلور دوباره و دگرگونی در واحد‌های سازند قم شده و مجموعه‌ای از کانی‌های اسکارنی مانند گارنت، پیروکسن، خانواده اپیدوت، ترمولیت و اکتینولیت را پدید آورده است. سیمای این کانی‌سازی به‌شکل توده‌ای، رگه‌ای، برشی و پرکننده فضای خالی، افشان و رگچه‌ای بوده و در بخش‌های درون‌اسکارن و برون‌اسکارن رخ داده است. مگنتیت، کانه اصلی موجود در کانسار است که کبالتیت، کالکوپیریت و پیریت، آن را همراهی می‌کنند. بر پایه مطالعات ریزدماسنجی میانبار سیال روی گارنت و پیروکسن مرحله اسکارن پیشرونده و کوارتز مرحله دگرسانی پسرونده، در فاز پیشرونده دمای همگن‌شدگی 400 تا بیش از 600 درجه سانتی‌گراد و شوری 12 تا 20 درصد معادل وزنی نمک طعام و در فاز پسرونده دمای همگن‌شدگی در حدود 180 تا 200 درجه سانتی‌گراد، و شوری 8/5 تا 9/11 درصد معادل وزنی نمک طعام است. دماسنجی ایزوتوپی برای جفت کانی‌های پیریت و کالکوپیریت، دمای میان 241 تا 528  درجه سانتی‌گراد و برای جفت کانی‌های کوارتز و مگنتیت، دمای میان 441 تا 549  درجه سانتی‌گراد را ارائه می‌دهد. همچنین نسبت‌های ایزوتوپی گوگرد و اکسیژن، منشأ سیال ماگمایی و گرمابی همراه با آمیختگی با سیال‌های حوضه‌ای را برای این کانی‌سازی پیشنهاد می‌دهد.